个人意见，供你参考：
首先，这批银杏很可能不是保护对象，或属珍贵树木。原因：它们可能不在《中华人民共和国野生植物保护条例》第二条“本条例所保护的野生植物，是指原生地天然生长的珍贵植物和原生地天然生长并具有重要经济、科学研究、文化价值的濒危、稀有植物。”之列。
因此，该公司的行为不构成了我国《刑法》第344条规定的“非法收购珍贵树木罪”。但，他们及其农户的行为已经违法了，至少可以进行行政处罚。
如要追究刑事致责任的话，建议还从《林业部、公安部关于森林案件管辖范围及森林刑事案件立案标准的暂行规定》去寻找突破口。
