国家一级重点保护树种有：普陀鹅耳枥、天目铁木、伯乐树、膝柄木、东京龙脑香、狭叶坡垒、坡垒、多毛坡垒、望天树、瑶山苣苔、单座苣苔、报春苣苔、辐花苣苔、银缕梅、巨柏、苏铁属（所有种）、银杏、百山祖冷杉、梵净山冷杉、元宝山冷杉、资源冷杉（大院冷杉）、银杉、大别山五针松、红松、毛枝五针松、金钱松、台湾穗花杉、云南穗花杉、红豆杉属（所有种）、水松、水杉、萼翅藤、长蕊木兰、单性木兰、落叶木莲、华盖木、峨眉拟单性木兰、藤枣、珙桐、光叶珙桐、云南蓝果树、金莲木科、合柱金莲木、铁青树科、独叶草、异形玉叶金花、掌叶木；

国家二级重点保护树种有：桫椤科（所有种）、贡山三尖杉、蓖子三尖杉、翠柏、红桧、岷江柏木、福建柏、朝鲜崖柏、秦岭冷杉、台湾油杉、海南油杉、柔毛油杉、太白红杉、四川红杉、油麦吊云杉、大果青扦、兴凯赤松、华南五针松（广东松）、巧家五针松、长白松、黄杉属（所有种）、榧属（所有种）、台湾杉（秃杉）、梓叶槭、羊角槭、云南金钱槭、富宁藤、蛇根木、驼峰藤、金平桦、盐桦、天台鹅耳枥、七子花、金铁锁、连香树、千果榄仁、四数木、无翼坡垒（铁凌）、广西青梅、青皮（青梅）、翅果油树、东京桐、华南锥、台湾水青冈、三棱栎、秦岭石蝴蝶、酸竹、山铜材、长柄双花花木、半枫荷、油丹、樟树（香樟）、普陀樟、油樟、卵叶桂、润楠、舟山新木姜子、闽楠、浙江楠、楠木、黑黄檀、降香（降香檀）、格木、山豆根（胡豆莲）、绒毛皂荚、花榈木（花梨木）、红豆树、缘毛红豆、紫檀（青龙木）、油楠（蚌壳树）、任豆（任木）、地枫皮、鹅掌楸、大叶木兰、馨香玉兰、厚朴、凹叶厚朴、长喙厚朴、圆叶玉兰、西康玉兰、宝华玉兰、香木莲、大果木莲、毛果木莲、大叶木莲、厚叶木莲、石碌含笑、峨眉含笑、云南拟单性木兰、合果木、水青树、粗枝崖摩、红椿、毛红椿、海南风吹楠、滇南风吹楠、云南肉豆蔻、喜树（旱莲木）、蒜头果、水曲柳、董棕、小钩叶藤、龙棕、斜翼、粉背叶入字果、马尾树、绣球茜、香果树、丁茜、黄檗（黄菠椤）、川黄檗（黄皮树）、钻天柳、伞花木、海南紫荆木、紫荆木、黄山梅、蛛网萼、呆白菜（崖白菜）、黑三棱科、广西火桐、丹霞梧桐、海南梧桐、蝴蝶树、平当树、景东翅子树、勐仑翅子树、长果安息香、秤锤树、土沉香、柄翅果、蚬木、滇桐、海南椴、紫椴、长序榆、榉树、海南石梓（苦梓）、茴香砂仁、拟豆寇、长果姜、松口蘑（松茸）；

国家三级保护植物如翠柏、油杉。