如果是一年生小苗，相对来说还是比较容易区分的：

实生苗根系完整、主根明显，苗干挺直（通常有顶芽），主侧枝分明；

扦插苗有明显的“插穗”标记，根系环绕插穗基部，主根不很明显；

嫁接苗有明显的嫁接印记，根系与实生苗相似，苗干通常与扦插苗相似。

不同树种有不同的区别，如银杏嫁接苗与实生苗的区别：①看嫁接口：实生苗无嫁接口，嫁接苗有一楔形愈伤嫁接口，实生苗剪断后从伤口下萌生的假嫁接苗虽有接口，但不成楔形。②看苗干颜色：嫁接苗的苗干颜色为灰黑色，由嫁接口长出的实生苗的苗干颜色为灰白色，且有光亮。③看苗干直立状态：未接活的实生苗的苗干直立，嫁接苗的苗干横生或斜生。 ④看叶片：实生苗发出的叶片无缺裂或浅裂，嫁接苗叶片的的裂片深，颜色深绿。

实生苗主根明显，扦插苗无主根，根系比实生苗弱。

实生苗的优势是种子来源广泛，遗传（多样性）基础好，变异性强，属于有性繁殖；

扦插苗能够完全保持母本的特性，有些选育出来的优良无性系，只有通过扦插或嫁接、组培等无性繁殖方式繁殖，才能保持原有特性不变，属无性繁殖；

嫁接苗除了具有扦插苗的特点以外，就是它的砧木可以是抗性更强一些，属于无性繁殖。

就是从二个方面进行辩别，一是年根系；二是看嫁接口。

嫁接苗有明显的嫁接口，以利用果实为主的树种，尤其是果树，大多使用嫁接苗。