一、因行政界限引起的林权纠纷，先解决行政界限问题后再确定林权。        

二、林权纠纷首先由当事者双方协商解决。协商不成的由当事者双方向上级人民政府提出申请进行调解或处理。        

三、对人民政府处理不服的可向人民法院申请裁决。        

四、国有林与集体林的纠纷由县级以上人民政府处理。        

五、纠纷的调处实行分级负责制，要求户与户间的纠纷不出组，组与组间的纠纷不出村，村与村间的纠纷不出乡。        

六、林权证的界限、面积与实地不符的，按照“尊重历史、兼顾现实、实事求是”的原则，给予核实调整。

根据《林木林地权属争议处理办法》第四条 林权争议由各级人民政府依法作出处理决定。林业部、地方各级人民政府林业行政主管部门或者人民政府设立的林权争议处理机构（以下统称林权争议处理机构）按照管理权限分别负责办理林权争议处理的具体工作。第十四条 林权争议由当事人共同的林权争议处理机构负责办理具体处理工作。
也就是说，两个自然村之间的争议地应当由当地乡林业站负责处理，并由乡人民政府依法作出处理决定。