一、申办依据：《中华人民共和国森林法》 第三十七条　从林区运出木材，必须持有林业主管部门发给的运输证件，国家统一调拨的木材除外；《中华人民共和国森林法实施条例》第三十五条　从林区运出非国家统一调拨的木材，必须持有县级以上人民政府林业主管部门核发的木材运输证。

　　二、办事程序：申领者持林木采伐许可证或者其他合法来源证明、检疫证明以及木材经营加工许可证向起运地县级以上人民政府林业主管部门提出申请。

　　三、承办时限：符合条件的，受理木材运输证申请的县级以上人民政府林业主管部门应当自接到申请之日起3日内发给木材运输证。

各地的具体规定不尽相同，江西的规定如下：

江西省木材运输监督管理办法

第二章运输证的办理
第五条凡运输木材，必须持有县级以上人民政府林业主管部门签发的运输证。法律、法规和本办法另有规定的除外。
第六条申请办理木材运输证，应当按下列规定提交有关材料：
（一）木材生产者生产的木材，凭林木采伐许可证、森林植物检疫证、林业规费缴纳凭证（以下简称规费凭证），属原材的还须提供检尺码单。
（二）经营、加工木材的，凭木材经营、加工许可证及购材时的林木采伐许可证或者运输证、森林植物检疫证和规费凭证。
（三）非重点保护树种林木（包括从山上采挖到苗圃假植的林木），凭林木采伐许可证、森林植物检疫证和规费凭证。
（四）属于国家一、二级和省级重点保护的野生植物及其产品，凭森林植物检疫证和野生植物采集证。
（五）苗圃自繁自育的绿化大苗，凭森林植物检疫证、林木种子生产（经营）许可证、林木种子质量检验证和标签。
（六）旧房料凭所在地林业主管部门核实的证明。
（七）基建剩余的木材，凭所在地林业主管部门核实的证明。
（八）单位或者个人搬迁自用的木竹制品，折合原木3立方米、原竹300根以下的，凭搬迁证明、户口迁移或者其他有效证明；折合原木3立方米、原竹300根以上的，还应当凭所在地林业行政主管部门核实的证明。
（九）农村居民自留地和房前屋后个人所有的非重点保护的零星林木，凭所在地林业工作站的证明。
（十）进口木材的，凭出入境检验检疫机构签发的检验检疫证明。
（十一）依法没收后拍卖、变卖的木材，凭森林植物检疫证、规费凭证和行政处罚决定书或者司法机关的法律文书。
第七条县级以上人民政府林业主管部门应当依法审核申请人提交的证明材料。对符合前条规定的，当场签发运输证；对不符合前条规定的，不予签发，书面通知申请人并告知理由。
第八条办理运输证计算各种木竹制成品、半成品的材积时，应当扣除非木质替代品的材积。材积折算的具体办法由省人民政府林业主管部门制定并予以公布。
第九条因特殊情况需要变更运输证的，货主应当在木材起运前向原发证机关提出申请，经核实后重新签发。
第十条个人随身携带或者零担、包裹托运的，折合原木0．2立方米、毛竹10根以下的自用木竹制成品，免予办理运输证。
第十一条运输证实行分级核发。省内运输木材的，由起运地的县级以上人民政府林业主管部门核发，使用省人民政府林业主管部门统一印制的《江西省木材运输证》；运输木材出省的，由省人民政府林业主管部门或者其委托的设区市人民政府林业主管部门核发，使用国务院林业主管部门统一印制的《出省木材运输证》。

您好，申请办理木材运输证的程序有：申请人向运出地县级以上林业主管部门提出申请；申请人提交林木采伐许可证或其他合法来源证明材料；出县境的检疫证明；木材检尺记录；木材经营加工许可证；林业费金收据及完税票据