保护区水质良好，海水透明度大，水下80多种珊瑚礁群发育良好，并栖息有多种鱼虾、贝、澡和其他门类的海洋生物，属典型的岸礁生态系统。珊瑚礁是热带海洋重要的生态防波堤坝，具有重要的经济价值和旅游价值。三亚珊瑚礁自然保护区是保护海洋生物多样性的重要海区，根据自然保护的需要，划分出核心区、缓冲区、试验区，对核心区内的资源采取绝对保护措施。

       三亚珊瑚礁自然保护区主管部门是国家海洋局、海南省海洋与渔业厅，三亚国家珊瑚礁自然保护区管理处负责本保护区的保护、建设与管理。管理处下设三个海洋监察管理站，并设有一处供公众生态教育的珊瑚标本展览馆。

 三亚珊瑚礁自然保护区是明显的热带海区，区内水质良好，海水透明度高，水下分布着100余种造礁珊瑚，礁群发育良好，并栖息着多种鱼、虾、贝、藻和其它门类的海洋生物，属典型的岸礁生态系统，具有独特的生态和科研价值。同时，由珊瑚礁造就的千姿百态的海底景观，又具有高质量的旅游价值，是开展海洋生态旅游的很好场所。

       三亚沿海自然环境良好，很适宜珊瑚的生长繁殖，在漫长的地质年代，多种珊瑚在这里不断繁衍，形成了大片珊瑚礁。这里礁群发育良好，珊瑚的种类和数量在中国近海均占领先地位。珊瑚在生长进化过程中，形成了各种名称的珊瑚礁，并栖息着多种鱼、虾、贝、藻和其它门类的海洋生物，构成了美丽的水下景观。

       三亚珊瑚礁自然保护区海域与三亚市几处主要著名旅游海湾——亚龙湾、大东海海湾、三亚湾及天涯海角相邻，丰富和构成了三亚滨海景区的生态内涵。